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Passeggiando per Pisa si respira un’atmosfera carica di arte e cultura. La storia di questa meravigliosa città si palesa nei suoi splendidi monumenti, ma è anche racchiusa nei suoi numerosi musei.
Ammirare le testimonianze che vi sono conservate rende possibile ripercorrere l’incredibile storia di questo territorio e delle popolazioni che ne hanno segnato le sorte: dai musei archeologici, che custodiscono i reperti dei primi insediamenti etruschi, al Museo di Palazzo Reale, che fu dimora dei Medici, dei Lorena e dei Savoia, passando per il Museo di San Matteo, che racchiude capolavori unici dell’arte medievale.
Persino la visita alla suggestiva Piazza dei Miracoli non finisce con la sua quadrilogia, ma continua nel Museo delle Sinopie e nel Museo dell’Opera del Duomo, dove si possono ammirare preziose opere d’arte provenienti dai quattro monumenti della Piazza.
Oltre ai musei storico-artistici Pisa e il suo territorio offrono una nutrita serie di musei “alternativi”, meno noti, ma non per questo meno interessanti.
È il caso del Museo Piaggio, ideato per mantenere viva la memoria della Vespa e degli altri prodotti dell'azienda di Pontedera. Per gli appassionati della scienza, a pochi passi da Piazza dei Miracoli, si trova il Museo degli Strumenti di Calcolo, che ci porta a compiere, attraverso manoscritti e interessanti strumenti, un appassionante viaggio di almeno 500 anni della storia del calcolo.
La Fondazione Cerratelli di San Giuliano Terme dedica invece bellissime mostre ai costumi per lo spettacolo creati durante tutto il XX secolo dalla celebre sartoria fiorentina e considerati vere e proprie opere d’arte.
Il Museo dell'Opera del Duomo di Pisa si trova in 
In seguito all'incendio del tetto del 
Il Museo Nazionale di San Matteo, ubicato nel convento medievale omonimo nei pressi del fiume Arno, possiede una serie completa di opere dei principali maestri pisani e toscani dal XII al XVII secolo e una ricca raccolta di reperti archeologici e ceramici. Il numero e la rilevanza delle opere custodite fanno del San Matteo uno dei musei più importanti d'Europa nel campo dell’arte medioevale.
Il Museo Nazionale di Palazzo Reale si trova sul Lungarno Pacinotti, in un palazzo cinquecentesco disegnato dal Buontalenti che è stato per secoli corte e residenza delle case regnanti dei Medici, dei Lorena e dei Savoia. Il palazzo è stato ristrutturato nel 2001, recuperando ambienti e collegamenti con gli edifici adiacenti che costituivano il complesso della corte granducale.
Il Museo di Storia Naturale e del Territorio dell’Università di Pisa è sorto nei primi anni ’80 dall’unificazione di varie collezioni universitarie e dal loro trasferimento presso la 
La Pinacoteca e il Museo Civico di 
Il Museo Etrusco di 
Il Museo Diocesano d’Arte Sacra di 
Il Museo Piaggio è nato nel 2000 allo scopo di conservare la memoria storica della grande azienda metalmeccanica di 
L’Ecomuseo dell’Alabastro vuole esporre non una semplice collezione di oggetti ma un intero territorio, la sua storia e la sua principale risorsa economica. L’ecomuseo si caratterizza e si differenzia dal museo per essere un museo del tempo e dello spazio: del tempo perché privilegia sezioni storiche particolari e definite, ma svolge un percorso di lungo periodo, dal passato all’attualità; dello spazio perché la formula di ecomuseo è legata alle particolari caratteristiche geomorfologiche, ambientali.
Il Museo della Pieve di Bientina, inaugurato nel 1993, è una delle più belle raccolte di arredi sacri in metallo nobile risalenti al periodo compreso tra i secoli XVI e XVIII.
Il Museo delle Icone Russe, allestito nelle sale dell’antico palazzo Pretorio, nasce dalla raccolta donata dal giornalista di origine pecciolese Francesco Bigazzi, per anni corrispondente dalla Polonia e da Mosca.
La Domus Mazziniana, istituita nel 1952, raccoglie l'eredità spirituale e materiale della casa dei Nathan-Rosselli, dove Mazzini fu ospitato fino alla sua morte.
Il Museo Etrusco di Bientina è ubicato nell’edificio seicentesco della chiesa sconsacrata di San Girolamo. Inaugurato nel 1999, contiene una serie di reperti rinvenuti negli ultimi sessant'anni nella zona dell’antico Lago (o Padule) di Bientina.
Il centro ha sede nella Villa Comunale Baciocchi. I pannelli esplicativi illustrano i metodi di ricerca adottati, le zone esplorate e gli aspetti geologici della Valdera, offrendo uno spaccato della frequentazione dellla zona nella Preistoria e in epoca etrusca, romana e medievale.Interessante è la ricostruzione a grandezza naturale di una tomba etrusca trovata a Montevaso, nel comune di Chianni.
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