Il Museo dell'Opera del Duomo di Pisa si trova in Piazza dei Miracoli, a pochi metri dalla Torre pendente, in un edificio risalente al XIII secolo.

Fu inaugurato nel 1986 per ospitare i reperti rimossi dal Duomo e dal Battistero, garantendo nel contempo la loro salvaguardia e una migliore fruizione da parte del pubblico.

Tra le sculture spiccano le opere di Tino di Camaino e Giovanni Pisano, tra cui la Vergine con bambino in avorio scolpita da Giovanni nel 1300 per l'altare maggiore del Duomo.

In seguito all'incendio del tetto del Camposanto monumentale, avvenuto nel luglio del 1944, si pose il problema della conservazione degli affreschi del Camposanto e delle relative sinopie (disegni preparatori), riportate alla luce nel 1947 dai primi "strappi" delle pitture soprastanti.

Il museo si articola su una struttura metallica composta di pedane e diaframmi collegati da ascensore. Le opere sono collocate su pannelli posti alle pareti o appesi alle capriate.

Il Museo Nazionale di San Matteo, ubicato nel convento medievale omonimo nei pressi del fiume Arno, possiede una serie completa di opere dei principali maestri pisani e toscani dal XII al XVII secolo e una ricca raccolta di reperti archeologici e ceramici. Il numero e la rilevanza delle opere custodite fanno del San Matteo uno dei musei più importanti d'Europa nel campo dell’arte medioevale.

La pittura dei secoli XII e XIII è rappresentata dal ciclo delle Croci dipinte, con opere di Berlinghiero Berlinghieri, di Giunta Pisano e del Maestro di San Martino, tutte provenienti dalle più antiche chiese cittadine.

Il Museo Nazionale di Palazzo Reale si trova sul Lungarno Pacinotti, in un palazzo cinquecentesco disegnato dal Buontalenti che è stato per secoli corte e residenza delle case regnanti dei Medici, dei Lorena e dei Savoia. Il palazzo è stato ristrutturato nel 2001, recuperando ambienti e collegamenti con gli edifici adiacenti che costituivano il complesso della corte granducale.

La Domus Mazziniana, istituita nel 1952, raccoglie l'eredità spirituale e materiale della casa dei Nathan-Rosselli, dove Mazzini fu ospitato fino alla sua morte.

L’edificio fu distrutto nel bombardamento del 31 agosto 1943 e ricostruito nel dopoguerra.

Vi hanno sede il Centro Studi Mazziniani, con un’importante biblioteca sulla storia del Risorgimento, e il museo, che conserva cimeli, medaglie, bandiere, scritti autografi, libri, documenti ed oggetti personali appartenuti a Mazzini.

Ospitato negli ambienti di Palazzo Lanfranchi, il Museo della Grafica nasce per volontà del Comune e dell’Università di Pisa, che hanno scelto per ospitarlo uno dei palazzi più belli e affascinanti dei lungarni, già sede di uffici comunali e spazio per mostre temporanee.

Il Museo della Grafica ospita le collezioni del Gabinetto Disegni e Stampe del Dipartimento di Storia delle Arti dell'Università di Pisa, raccolta di grafica sorta nel 1957 per iniziativa di Carlo Ludovico Ragghianti che ha fatto di Pisa un centro d’avanguardia nella conoscenza e nello studio dell’arte contemporanea.

Il Museo degli Strumenti per il Calcolo, gestito dalla Fondazione Galileo Galilei,  riproduce un avvincente viaggio nella storia della scienza e rappresenta una realtà unica nella città di Pisa, a pochi passi dalla celeberrima Piazza dei Miracoli.

L’area museale è collocata in uno splendido parco di dodicimila metri quadrati, un’oasi nel cuore di Pisa, dove già nel corso degli anni migliaia di visitatori hanno potuto apprezzare una selezione di grande interesse che si distingue anche nel panorama nazionale non solo per la ricchezza delle collezioni ma anche perché comprende, tra i pezzi più rilevanti, esemplari unici e rappresentativi nella storia del calcolo e dell'informatica.

L’Orto Botanico dell’Università di Pisa nacque nel 1543 grazie all’opera del medico e botanico Luca Ghini. Si tratta del più antico orto botanico universitario europeo.

Originariamente situato nella zona degli Arsenali Medicei, nel 1563 l'Orto fu spostato al margine nord-orientale del centro storico della città, per essere infine trasferito nella sede attuale nel 1591. Nel XIX secolo venne smantellato l'impianto cinquecentesco a favore di una sistemazione più “scientifica” delle aiuole.

All'interno dell'Orto si trovano l'Istituto di Botanica e il Museo Botanico.

Il Museo Botanico di Pisa ha sede in un edificio settecentesco di piccole dimensioni posto all’interno dell’Orto Botanico.

La facciata è riccamente decorata con incastonature di conchiglie e sassi colorati ed è di notevole suggestione apparendo al visitatore immerso nel verde del giardino.

Il museo è costituito da una raccolta di collezioni tra le quali hanno particolare importanza gli erbari, cioè raccolte di piante pressate, seccate, fermate su fogli di carta e corredate da notizie sulla pianta stessa e sul luogo e il momento in cui è stata raccolta.